CALYPSO安装方法解析
安装步骤:
1、下载上传Anaconda、CALYPSO,Example
2、安装Anaconda(或安装numpy)
3、安装分析工具cak.py
4、编写相关脚本
5、算例测试(输入文件:input.dat, caly.pbs, calypso.x, submit.sh, INCAR_*, POTCAR)
1、下载上传Anaconda、CALYPSO,Example
Anadonda下载地址:https://www.anaconda.com/distribution/#download-section 注意下载python2.7
CALYPSO注册地址:http://www.calypso.cn/getting-calypso/(注册后有个协议要签字扫描后发回,才给开账号)
CALYPSO和Example下载地址(需要注册后获得账号密码):http://download.calypso.cn/
上传可用sftp等工具(略,切勿在windows下解压再上传)
2、安装Anaconda(或安装numpy)
这一步安装会把基本咱们要用的python库文件都安上,这也是建议大家安装的原因,以后安装phonopy也就方便了,不用手动安装那么多python库了。(需要等待一段时间)
发现python已经指向了我的安装目录,那么成功了。
3、安装分析工具cak.py
到相应的文件夹下去打开Makefile找到相应的这一行,修改为刚刚anaconda2文件夹下的python路劲,保存,退出,make
根据提示,把引号中的语句放到我家目录下的.bashrc文件中
输入vi ~/.bashrc,添加语句,保存并退出。
which cak.py能够正确找到它说明安装成功。
4、编写相关脚本
先找到提交VASP的脚本,例如vasp.pbs,内容解析如下(#PBS开头的是调用资源行):
按照vasp.pbs的内容,改完后的caly.pbs和submit.sh如下,用qsub caly.pbs提交任务。对比一下就清楚了。(calypso.x是串行程序,不要用mpirun去执行;局域优化软件vasp需要用mpirun并行,主要加上killall -9 vasp_std)
5、算例测试(输入文件:input.dat, caly.pbs, calypso.x, submit.sh, INCAR_*, POTCAR)
解压Examples.tar.gz (用tar -zxvf Examples.tar.gz)
去看例子里的README,看自己想要模拟那个体系,以二维材料结构预测为例
新的预测需要准备以下几个文件:
caly.pbs和submit.sh,从原提交作业中的vasp.pbs中修改得来
calypso.x从解压CALYPSO_x64.tar.gz中的bin文件夹用命令cp拷贝过来,主要不要拖到windows中解压再上传,会丢失文件权限。
INCAR_1 INCAR_2 INCAR_3 input.dat POTCAR 从6_example拷贝过来,做适当修改。
准备好这几个文件后,就可以用qsub caly.pbs提交作业了。
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