【技术专栏】晶体结构可视化软件Diamond入门教程(附安装包)


【引语】

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在材料科学与工程学科里,物质的晶体结构占据着至关重要的地位。为了生动详细的描述和展示材料的晶体结构,我们需要将其进行可视化。在此,我们就向大家介绍一个简单强大的晶体结构可视化软件Diamond,让你也能轻易地绘制出漂亮的晶体结构图。

图1 采用Diamond绘制出的晶体结构示意图

1 软件简介

Diamond是德国波恩大学Crystal Impact GbR公司开发研制的一个化学专业软件。它是一款在原子水平实现晶体结构可视化的软件,包括分子和聚合物扩展、多面体、搜索结构数据、自动和批量创建结构图片等功能,支持晶体结构着色和渲染以及批注。Diamond的功能非常强大,除了通过简单的向导功能进行绘图,它还有这各种各样的高级功能。通过将晶体结构可视化,你可以了解晶体结构的构造原理,绘制出用来出版的高质量图片,以及向听众进行展示。它广泛应用于原子,分子和固体化学以及表面和材料科学。

自开发至今,它经历了1.0、2.0、3.0,4.0等几代产品,其功能也在不断完善,最新的版本是Diamond 4.5.3。

图2 Crystal Impact GbR官网

2 安装介绍

    1)首先将软件包进行解压缩,其中dm3demo.exe是安装程序,yourlicense.lic是安装许可证,安装注意事项可以查看安装须知文件;

图3 解压后的软件包

 

2)双击dm3demo.exe进入安装向导,按照如图4所示的安装步骤安装软件;

图4 安装过程(1-4)

3 软件界面说明

Diamond软件图标如图5所示,是一颗钻石。双击该图标即可打开软件主程序,随后我们可以打开一个之前的文档,如图6所示,显示的是Li2O的晶体结构示意图。图6中的窗口可以分为8个不同的区域,依次是:

1)标题栏:显示程序名称和当前文档名字;

2)菜单栏;

3)顶部工具栏:主要有新建,打开,保存,录制视频等功能;

4)导航栏:导航到不同的文档及其子内容;

5)绘图窗口;

6)表格面板:显示主要的晶体结构数据;

7)属性面板:显示结构图的各类信息以及当前选中的对象;

8)底部工具栏。

图5 Diamond软件图标

图6 Diamond软件界面

   

4 操作示例

下面我们就以绘制如图7所示的氧化锂的晶体结构为例来说明基本的绘图操作。

图7 氧化锂的晶体结构

1)下载氧化锂的CIF文件,这部分可参考之前的文章:《一篇文章搞懂晶体学信息文件CIF及其获取方法

图8 下载好的Li2O的CIF文件

2)如图9所示,运行Diamond软件,打开Li2O的CIF文件;

图9 打开软件导入CIF文件

3)此时软件会自动运行“文件导入助手”程序,帮助我们正确的导入文件。第一页是欢迎页;第二页用来检查软件自动识别的文件类型是否正确,如果有错误可以在下拉菜单里面选择正确的文件格式;第三页用来选择是否自动让软件来绘制晶体结构图;第四页是最后一页,可以勾选“不再显示该助手”,这样软件下次将会自动完成文件导入的操作,然后点击完成。

图10 文件导入助手

4)随后软件会自动运行“结构图像绘制助手”,如图11所示;如果之前已经有其他结构图存在,可以勾选“Destroy all atoms, bonds, ets.”复选框;

图11 结构图像绘制助手

5)接下来是设置原子的显示方式,在这里我们选择填充原子到单位晶胞,然后点击下一步;

图12 设置原子填充单位晶胞

6)在这个页面,可以设置其他一些与原子相关的结构。如创建晶胞边界,连接原子等。我们所绘制的氧化锂的晶体结构是要在O原子周围绘制Li多面体,因此在这里我们选择“Create polyhedral around”,然后在中心元素那里输入“O”,随后点击下一步;

图13 设置其他与原子相关的结构

7)本页面提供了图像设计的一些基本功能。如改变模型(球棍模型,线型,比例填充模型等),屏幕布局,背景颜色,显示质量,避免重复的原子主色等;

图14 图像设计页面

8)接下来,我们可以选择观察结构模型的方式。我们可以选择最佳投影,无变化,以及沿某一晶向观察。对于投影方式,我们还可以选择平行投影和中心投影。最后记得勾选上“Adjust enlargement factor and position to fit picture in drawing area”以使图像大小自动调整适应绘图区。然后点击完成。

图15 查看图像设置

9)软件自动绘制的图片可能如下图所示,没有立体感,也不是特别美观,这就需要我们对它进行调整。图片调整的主要内容都在如图17所示的“Picture”菜单下面

图16 自动绘制出来的图片

  

图17 Picture菜单下面的内容

10)对绘制出来的图片进行调整;

调整Representation:勾选Rendering(渲染)和Lighting(灯光);

图18 调整Representation

调整Atom Designs:将O原子调为红色,Li原子调为蓝色,同时还可以调整原子的大小;

图19 调整Atom Designs

调整Polyhedron Design:将Fill color改为粉色,设置透明度为0.4,然后调整多边形边框的颜色和宽度;

图20 调整Polyhedron Design

     

调整Cell Edges Design:更改晶胞边框的颜色,宽度和线的类型;

图21 调整Cell Edges Design

调整坐标系统:在坐标处右击,打开Coordinate System设置对话框,然后对其进行调整,从而得到如下图所示的效果;

图22 调整坐标系统

调整图例:在图例处右击,打开legend设置对话框,然后调整原子的大小,标注字体的颜色和尺寸,将边框大小调整为0,即可得到如图所示的效果。

图23 调整图例

最终效果如图24所示:

图24 最终效果图

11)将结构图导出。首先,如图25所示,调整图片的版式,将其设置为位图(bitmap),分辨率至少设为300,然后调整图像的宽和高。分辨率越大,宽和高越大,导出的图形也越清晰。随后,按照图26所示的步骤将图像进行导出。同时,还要将文件另存为Diamond专用的“.diamdoc”文件,以便后面继续进行编辑调整。

图25 调整图像版式

图26 输出图片

5 其他类似软件

    除了Diamond,我们也可以用其他类似的软件来绘制晶体结构,常用的有:Atoms,Crystalmaker和Materials Studio。

需要安装包的读者,请到材料人论坛下载,无法获取的可加微信:cailiaorenVIP 。

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本文由材料人专栏科技作者王老师供稿,编辑部编辑。

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