技术专栏:XRD精修最强辅助之CMPR软件介绍(二)
【引语】
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1 引言
游戏的胜利需要辅助,科研的顺利进行也需要辅助。一个优秀的辅助可以使得我们事半功倍。当我们采用GSAS软件进行XRD精修时,一个有力的辅助就是CMPR软件(图1)。它是美国国家标准与技术研究院中子研究中心的Brian H. Toby用Tck/Tk语言编写的一个免费的处理粉末衍射数据的多功能软件。它可以运行在Windows,Mac OS,Linux以及Unix等多个平台上。CMPR可以用来显示衍射数据,转换粉末衍射文件格式,进行手动/自动指标化,拟合峰形,转出GASA结果以及其他工作。鉴于其简单,易学以及实用的特点,本文就和大家一起来学习一下CMPR软件。
图1 CMPR软件
2 安装介绍
首先为大家介绍CMPR软件的安装过程,本文以Windows系统为例。
A 下载相应电脑系统的CMPR软件安装包,地址如图2中的二维码所示;
图2 CMPR下载地址
B 选择下载cmpr_win_static.zip文件;
图3 选择cmpr_win_static.zip文件下载
C 将压缩包在任意磁盘下的任意位置解压(该位置最好不要含有中文或者空格),双击StartCMPR.bat即可运行程序;
图4 CMPR软件的启动图标
D 创建快捷方式并更改图标:右击StartCMPR.bat,选择创建快捷方式,然后移动到桌面,右击快捷方式选择属性并更改图标,然后选择解压出来的文件中的cmpr.ico图标文件就可得到如图5(c)所示的快捷方式了。
图5 创建快捷方式并更改图标
3 软件界面简介
打开软件后的界面如图6所示,它可以分为两个部分。一个是主程序窗口,用来进行控制和操作,一个是绘图窗口,用来显示衍射结果图形。其中,主程序窗口主要由菜单栏和各个功能区构成,通过在各个功能区之间切换就可以实现各种不同的功能。
图6 CMPR软件界面
4 CMPR在XRD精修中的作用
4.1 转换数据格式
CMPR几乎可以读取所有类型的XRD数据,并将其转换为其他格式的数据,以便操作者使用,下面重点介绍一下将XRD衍射数据转换为GSAS支持的“.gsas”文件的操作方法。
A 读取数据。如图7所示,第1步选择读取Read模块,第2步是选择文件类型,第3步是选择所需文件,数据读入后就会在绘图窗口显示处衍射图。CMPR支持的文件类型如图8所示。如果没有你需要的类型,如图9所示,只需要将你的XRD数据复制到一个空白txt文件里面(只复制2theta和intensity两列),然后重命名为.dat文件,最后选择读取格式为XY data (ascii)即可顺利读取。
图7 读取数据模块
图8 CMPR支持的可以直接读取的文件格式
图9 将XRD数据复制到XXX.txt文件里面并命名为XXX.dat
B 转换数据。如图10所示,选择Write选项卡,然后选择文件,随后第3步选择文件格式为Simple gsas with esds (.gsas),然后选择文件位置,最后点击Write Selected Datasets,这时会弹出文件创建成功的对话框(如图11)。可以看到,CMPR可以进行多种数据格式的转换操作。
图10 转化数据格式
图11 转换完成对话框
4.2 转换输出GSAS精修结果
CMPR还可以用来读取GSAS的.exp文件,并将精修数据输出为可用Excel打开的.csv文件。主要操作过程如下所示。
A 如图12所示,打开CMPR,读取.exp文件;
图12 读取.exp文件
B 转到Write功能,选择某一个或者全部的文件(步骤2),然后选择输出文件格式为.csv(步骤3),选择文件夹后点击Write Selected Datasets即可输出文件。
图13 输出精修结果
5 CMPR的其他功能
除了上面所介绍的功能,我们还可以利用其它功能选项卡来完成其它的工作,现对其中的一些功能进行简要的介绍。
5.1 Plot绘图功能
该功能主要用于查看导入的数据。通过Plot选项卡,可以将导入的数据进行绘图,一般情况下,软件会自动对最近导入的数据进行绘图,如果需要选择绘图的数据,只需要在Plot选项卡下选择所需绘图数据,然后点击Update Plot即可在绘图窗口查看图形。在绘图窗口上使用左键绘制矩形窗口即可实现放大,右击即可恢复。此外,在英文输入法的状态下,按“L”即可显示出数据读取光标。
5.2 Rescale功能
在Rescale功能区可以控制X轴和Y轴的坐标单位,从而以不同的方式来显示XRD数据。此外还可以进行放大以及偏移的调整。
图14 Rescale功能
5.3 进行峰形参数的拟合
采用CMPR软件中的Fit和FitWidths功能还可以进行峰形参数拟合,从而得到GSAS精修的初始U, V, W, LX和LY。
5.4 进行指标化工作
衍射线的指标化就是标定衍射线的指数。在Index选项卡可以进行指标化工作。它共包含3个自动指标化软件:ITO,TREOR和DICVOL。它们可以用来进行查找单位晶胞并对衍射峰进行指标化。除了CMPR,也可以采用CRYSFIRE软件来进行自动指标化工作。
如果大家使用了该软件,请在工作中引用软件制作者Brian Toby的文章:Toby, B. H. (2005). "CMPR - a powder diffraction toolkit," Journal of Applied Crystallography 38, 1040-1041,该软件的作者人很好,大家有什么问题也可以通过邮件联系他老人家(brian.toby@anl.gov)。
附:出于总结,交流,学习的目的,本文尽可能详细的对CMPR软件进行了介绍,希望能让初学者尽快了解该软件的使用,并希望热心的学习者和广大网友能够进行分享传递。尽管本文作者已经尽心考究,但难免存在错漏之处,欢迎大家指出交流,作者感激不尽。
—本文完—
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